Новий музей акрополя був закладений в Афінах на вул. Діонісія Ареопагіта 22 грудня 2007 року, та офіційно відкритий 20 червня 2009 року. Очільником Організації зі створення Музею став професор археології Фессалонікійського університету Аристотеля Дімітріос Пандермаліс. Проект музея був виконаний швейцарським архітектором Бернардом Чумі.
Попередній та фактично перший музей Акрополя був споруджений 1874 року. Низка досліджень, о змінювали одне одне впродовж двох століть, з початку 19 століття, виявили безліч артефактів, які набагато перевищили передбачено ємність існуючої будівлі. Додатковий стимул для будівництва нового музею полягав у тому, що коли Греція розпочала переговори із Британським урядом щодо повернення мармурових скульптур, вивезенених лордом Ельджином, один з контраргументів британської сторони було те, що Греція не має необхідних умов для експозиції, а тим паче для збереження стародавностей. Умова створення галереї для представлення мармурових скульптур, які б могли бути повернені Британським музеєм, стала ключовою при прийнятті рішення щодо долі Нового музею.
Перший конкурс для архітекторів відбувався ще 1976 року і був обмежений участю виключно грецьких архітекторів. Втім ні конкурс 1976 року, ні другий конкурс, проведений 1979 року, не дав жодних результатів головним чином тому, що земельна ділянка, призначена для планування конструкції була визнана непридатною.
В 1989 році відбувся третій, цього разу міжнародний конкурс проектів Нового музею, також на вибір були представлені три земельні відводи. Конкурс виграли італійські архітектори Ніколетті та Пассареллі. Після паузи 1990-х років будівництво музею все ж було розпочате. Однак викопуючи котлован під фундамент будівлі, будівельни ки наштовхнулись на археологічні знахідки, що призвело до скасування урядом результатів конкурсу у 1999 році.
У четвертому конкурсі не було запропоновано жодного проекту, який би дозволив не порушити стародавностей. Ці уомви допрацьовувались пізніше із залученням грецьких та закордонних фахівців. Зрештою новий план був скоригований таким чином, що уся конструкція будівлі мала підтримуватись колонами над археологічним знахідкамии, не пошкоджуючи у співпраці з грецьким архітектором Міхалісом Фотіадісом.
Коли будівельні роботи наблизились до завершення, 14 жовтня 2007 року було розпочате перевезення артефактів зі старого музею, розташованого біля підніжжя пагорба Акрополіс у новий музей. Хоча відстань між новим та старим музеєм склала близько 400 м, для виконання операцій були задіяні три гігантські крани. Оскільки будівельні роботи наближається до завершення, операція перейти історичний артефакт на відстані 400 метрів від скелі Акрополя в новий музей, почалася в неділю, року, за участю трьох гігантських кранів.
Офіційне відкриття музею відбулось 22 грудня 2007 року, проте основна експозиція все ще не діє. Її планують урочисто представити 20 червня 2009 року.