Починаються на півночі вузьким гірським кряжем, який потім розділяється на 2 майже паралельних хребта, між якими розташовується Алабаська улоговина шириною 15—20 км. Хребти в деяких місцях з'єднуються невеликими кряжами. Південна частина Західного хребта найбільш висока, сильно розчленована. Східний хребет — пасмо згладжених сопок, розчленованих притоками р. Іргиз. Складені кварцитами, кристалічними сланцями, гнейсамі, гранітами, вуглистими сланцями, пісковиками і конгломератами докембрійського і палеозойського віку. Клімат різко континентальний, зима холодна, малосніжна, з середньою температурою січня — 14 °C; літо сухе і спекотне, середня температура липня 24 °C. Річна кількість опадів 200—250 мм.
З Мугоджар на північ тече річка Ор (притока Урала), на захід — Емба і її притоки, на на схід — Іргиз. На південь від Мугоджар лежать піски Великі Борсуки, відокремлюючи їх від басейна Аральського моря.
Мугоджарськие сопки покриті степовою рослинністю з виходами гірської породи. У лощинах розташовані реліктові гаї берези. Мугоджари перетинає залізниця Кандагач — Арись на залізниці Емба — Шалкар (Челкар).
Родовища міді, нікелю тощо, на базі яких розвинена гірничодобувна промисловість.